Tra le gemme della collezione Fabbricotti si distinguono alcuni esemplari di dimensioni particolarmente grandi, usati forse come pendagli, anche se la gran parte sono pietre di dimensioni contenute di forma ovale o tondeggiante, originariamente incastonate in anelli. Le pietre dure possono essere translucide e opache; tra le prime, che erano ritenute particolarmente pregiate, è ben attestata nel Museo la corniola, una varietà del calcedonio di color rosso-arancio importata dall'Oriente e dall'Austria. Si utilizzava anche la pasta vitrea, lavorata a stampo, in colori adatti ad imitare le pietre preziose. Tra le pietre opache è attestato nella collezione il diaspro verde, rosso e giallo. La gemma era impreziosita da intagli o lavorata a cammeo, ossia lasciando a rilievo la decorazione su un fondo ribassato e talora sfruttando i diversi colori stratificati della pietra per donare una raffinata policromia alla raffigurazione. I temi rappresentati erano tra i più vari: animali, divinità, busti di imperatori, principi e principesse.